Un ADN ancien révèle que la peste tuait déjà des humains il y a 5 500 ans

Pour beaucoup de gens, la peste évoque les rats, les villes médiévales surpeuplées et les épidémies dévastatrices qui se sont propagées à travers l’Europe pendant et après le Moyen Âge.

De nouvelles recherches suggèrent que l’histoire mortelle de la maladie remonte bien plus loin. Une étude publiée dans Nature ont découvert que la peste tuait déjà des gens il y a 5 500 ans en petits groupes de chasseurs-cueilleurs, des milliers d’années avant l’émergence des communautés agricoles et des villes.

Une équipe internationale de scientifiques a examiné l’ADN ancien de restes humains découverts dans quatre cimetières de chasseurs-cueilleurs près du lac Baïkal, en Sibérie orientale. En séquençant le matériel génétique conservé à l’intérieur des dents anciennes, les chercheurs ont reconstruit les génomes bactériens et identifié des souches précoces de peste jusqu’alors inconnues.

“La question de savoir si les premières formes de peste étaient bénignes ou virulentes a été un sujet de débat, mais nos résultats démontrent que ces anciennes souches étaient déjà hautement mortelles”, explique l’auteur principal Eske Willerslev, professeur à l’Université de Copenhague et à l’Université de Cambridge.

Un ADN ancien révèle des épidémies de peste préhistoriques

Les chercheurs ont combiné des preuves génétiques avec des découvertes archéologiques et des datations au radiocarbone pour reconstituer ce qui s’est passé au sein de ces communautés préhistoriques.

“Sur la base de l’ADN de la peste, des relations génétiques entre les victimes, de l’analyse archéologique et de la datation au radiocarbone, nous avons construit une image très claire et complète de ce qui s’est passé lors de ces épidémies”, explique l’auteur principal Ruairidh Macleod, qui a réalisé le travail alors qu’il était doctorant à l’Université de Cambridge et est maintenant chercheur à l’Université d’Oxford.

L’équipe a détecté l’ADN de Yersinia pestisla bactérie responsable de la peste, chez 18 des 46 individus étudiés. Cela signifie que près de 40 pour cent des restes portaient des traces d’infection. Selon les chercheurs, ce taux de détection dépasse ceux rapportés dans certains sites funéraires médiévaux de la peste.

Des preuves suggèrent que la peste précoce était hautement mortelle

Des recherches antérieures avaient indiqué que d’anciennes souches de Yersinia pestis ne possédait pas certaines des caractéristiques génétiques qui ont permis plus tard à la peste bubonique de se propager efficacement par les puces et les rongeurs. Pour cette raison, de nombreux scientifiques pensaient qu’il était peu probable que les premières formes de la maladie aient déclenché des épidémies importantes ou mortelles.

Les nouvelles découvertes vont dans une direction différente.

Dans les deux plus grands cimetières, les chercheurs ont constaté un nombre inhabituellement élevé d’enfants et de jeunes adolescents parmi les morts. Pendant des décennies, les archéologues ont eu du mal à expliquer cette tendance.

“Le nombre inhabituellement élevé d’enfants et le court laps de temps ont constitué un véritable casse-tête que nous essayons de résoudre depuis les années 1990. Découvrir que la peste en était la cause est extraordinaire, mais cela a tout à fait du sens”, déclare l’archéologue Andrzej Weber de l’Université de l’Alberta, chercheur principal du projet archéologique du Baïkal.

La datation au radiocarbone a révélé que de nombreuses sépultures ont eu lieu sur une période relativement brève. Dans certains cas, les frères et sœurs ou les parents et les enfants semblent être morts à peu près au même moment et ont été enterrés ensemble.

Un facteur génétique unique peut avoir une gravité accrue

Les chercheurs ont également identifié un superantigène distinctif dans les anciennes souches de peste. Ce facteur génétique producteur de toxines n’a pas été trouvé dans les souches historiques ultérieures de peste.

Les superantigènes peuvent déclencher de puissantes réactions immunitaires et sont liés à des réponses inflammatoires graves, rendant potentiellement les infections beaucoup plus dangereuses.

“Cette découverte change notre compréhension des premières épidémies de peste : avant même que la bactérie ne développe une transmission efficace par les puces, ces anciennes souches semblent avoir porté une puissante combinaison de facteurs de virulence qui pourraient rendre l’infection hautement mortelle”, explique l’auteur principal Martin Sikora, professeur agrégé à l’Université de Copenhague.

Les résultats suggèrent que certaines des premières épidémies de peste connues pourraient avoir été tout aussi mortelles que les formes ultérieures de la maladie, en particulier chez les enfants, malgré l’absence des mécanismes de transmission par les puces associés à la peste bubonique.

Indices sur les origines de la peste

L’étude conforte également l’idée selon laquelle la peste est apparue pour la première fois en Asie centrale ou du Nord-Est avant de se propager à travers l’Eurasie par l’intermédiaire des populations de rongeurs sauvages.

Des preuves archéologiques indiquent que les chasseurs-cueilleurs participant à l’étude ont eu des contacts étroits avec des marmottes, de grands rongeurs fouisseurs qui sont encore porteurs de la peste aujourd’hui. Les chercheurs pensent que la maladie pourrait être passée directement des marmottes infectées aux humains, déclenchant ainsi des épidémies dans ces communautés préhistoriques.

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